微生态构建主要采用微生物生态修复技术，是河道生态修复技术的重要技术路线，通过人为创造的合适降解条件，向水体内投放经过驯化和培养的微生物以及商品化的适宜微生物菌剂、或酶制剂，或增加、激活土著微生物，提高被污染水体内微生物的自然降解能力，从而达到降低水体污染，提高水质，改善水生态环境。

对于河道水体的微生物法修复重构，一般采取以“强化微生物系统”为主，辅以“底质改良+生态复氧净化+水生植物净化”的综合治理技术手段，构建河道水体的自我净化能力，抑制有害藻类生长，提升水体质量，提高水体透明度以及景观性，打造自净生态型水体。

底质改良

水体生态复氧净化

采用“微孔曝气系统+喷泉曝气”促进水体流动，对河涌水体进行水动力优化，使得水体内循环强化式生物接触氧化，提高水体的溶氧量，降解大分子有机物及特异性有机污染物。

水生植物净化
用水生植物来净化水质就是利用其具有的消化吸收污染物质、承受一定的环境胁迫的能力来实现。在泥土自然驳岸泥水界面处构建挺水植物生物屏障，可以有效过滤、分解和去除地表径流中的污染物。

沉水植物净化

沉水植物能够高效的吸收氮磷等物质，改变水体氮磷营养盐循环模式，抑制底泥再悬浮及氮磷营养盐释放，促进氮的硝化/反硝化作用及磷的沉降，利于形成稳定、平衡的生态系统。